جامعة‌الزهراء (س) با عنوان مؤسسه‏اي براي تحصيل علوم ديني بانوان در سال 1363 با حكم حضرت امام قدس سره تأسيس گرديد. اعضاي هيئت مؤسس عبارت بودند از حضرات آيات و حجج اسلام: مشكيني، موسوي اردبيلي، جنّتي، فاضل لنكراني، محمدعلي شرعي، محمدرضا توسّلي و حسن صانعي.
هيئت مؤسس محترم در دوران مسئوليت خود كه تا سال 1380 ادامه داشت بالاترين ركن دستگاه جامعةالزهراء (س) بود و در رده‏هاي پايينتر به ترتيب:
1) هيئت مديره مركب از حضرات آقايان حجج اسلام: محمود محمدي عراقي، علي رازيني، محمدعلي نظام زاده، مصطفي پورمحمدي، كمال الدّين خدّامي، سيد محمدرضا طباطبايي و خانمها: فريده مصطفوي، مرضيه معيني و معصومه گلگيري؛
2) مديريت: سيد محمدرضا طباطبايي؛
3) معاونتها و مديران واحدها؛
قرار داشتند.

مقام معظم رهبري در سال 1380 و در پي استعفاي هيئت مؤسس محترم، مسئوليت جامعةالزهراء (س) را به هيئت مديره سابق به انضمام مدير حوزه علميه قم و دو تن از علما به نمايندگي از سوي شوراي عالي حوزه با عنوان جديد
«هيئت امناء» سپردند. حضرات آيات و حجج اسلام: مقتدايي، شرعي و حسيني بوشهري در چارچوب جديد، به عضويت هيئت امناء درآمدند.