رهبر معظم انقلاب مدظله‌العالی در مراسم بیعت جمع کثیری از اقشار مختلف مردم شهرهای قم، رفسنجان و کهنوج در تاریخ 14 آذرماه 1387 درباره امام محمد باقر علیه‌السلام فرمودند:

«این بزرگوار [امام محمدباقر(علیه‌السلام)] که حدود هجده سال دوران امامتشان طول کشید، الگوی کامل تلاش و مبارزه و مجاهدت خستگی‌ناپذیر و پر از مشکلات برای اشاعه‌ی دین و کلمه‌ی حق و راه انداختن جریان فکری درست در دنیای آن روز بودند.

هدفی که امروز ملت ایران برای آن تلاش می‌کند - یعنی زنده کردن سخن حق در دنیای مادی و منحط و گمراه‌کننده و غرق در فساد - کاری است که امام باقر(علیه‌السلام) یک‌تنه به کمک معدودی از اصحاب خود، در دنیای بزرگ آن روز اسلام انجام می‌داد».

همچنین حضرت آیت الله العظمی خامنه ای مدظله العالی در دیدار جمع کثیری از بسیجیان کشور که در تاریخ 4 آذرماه 1388 صورت گرفت، بیان داشتند:

«از لحاظ تاریخی، این روزها روزهای نشاندار و بزرگی است: شهادت امام باقر (علیه‌السّلام) که یک شهادت دارای پیام بود؛ لذا خود امام باقر وصیت کرد که بعد از او تا 10 سال در منا به مناسبت این رحلت، یادبود برپا شود.

در میان ائمه‌ی ما این بی‌سابقه است، بی‌نظیر است. یاد امام باقر، یعنی یاد سر برآوردن حیات دوباره‌ی جریان اصیل اسلامی در مقابله‌ی با تحریف‌ها و مسخ‌هائی که انجام گرفته بود».